Новый Лесной кодекс предписывает передачу регионам с 1 января 2007 г. полномочий по управлению лесными ресурсами. Для осуществления переданных полномочий в области лесных отношений Рослесхоз и администрации субъектов Российской Федерации разработали регламент передачи в региональное ведение структур, ранее подведомственных Рослесхозу - 1739 лесхозов, 24 филиала Авиалесоохраны и 5 иных организаций лесного хозяйства. Имущество системы Рослесхоза также передается этим органам субъектов Российской Федерации.

В связи с этим руководитель Рослесхоза Валерий Рощупкин подписал приказ о ликвидации существующих территориальных агентств лесного хозяйства.

На сегодняшний день все обязательства Рослесхоза перед администрациями субъектов Российской Федерации по передаче полномочий по управлению лесным хозяйством выполнены. Большинство регионов создали у себя собственные структуры, а также приняли в свое ведение лесхозы и иные организации лесного хозяйства. Исключение составили Кировская, Магаданская, Самарская, Тверская, Читинская области, Пермский край и Ханты-Мансийский автономный округ, в которых администрации не смогли вовремя обеспечить выполнение мероприятий по передаче полномочий в соответствии с ранее согласованным регламентом. В целях обеспечения непрерывного государственного управления лесами на территории этих регионов, а также финансирования лесхозов Рослесхоз принял решение об отмене приказа о ликвидации агентств лесного хозяйства в этих субъектах Российской Федерации.