Значительные изменения внесены Федеральным законом  от 13 марта 2006 года № 39-ФЗ в главу о едином сельскохозяйственном налоге Налогового кодекса Российской Федерации.

В соответствии с законом изменена редакции статьи, определяющей налогоплательщиков данного налога.

Введены ограничения по переходу на уплату сельскохозяйственного налога бюджетным учреждениям, а также организациям и индивидуальным предпринимателям, осуществляющим деятельность в сфере игорного бизнеса. Уточнено, что система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей применяется наряду с иными режимами налогообложения.

Установлено, что вновь созданная организация вправе подать заявление о переходе на уплату сельскохозяйственного налога в пятидневный срок с даты постановки на учет в налоговом органе.

Дополнен порядок определения и признания доходов и расходов: перечень расходов и порядок принятия расходов на приобретение основных средств и нематериальных активов.

Внесены изменения в статью, регламентирующую определение налоговой базы. Для организаций и индивидуальных предпринимателей установлен единый срок представления налоговых деклараций по итогам налогового периода - не позднее 31 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом (ранее предприниматели представляли декларации не позднее 30 апреля).

Изменения внесены также в главу 26.3 "Система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности" НК РФ. Установлен запрет на применение ЕНВД налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, если они реализуют через свои объекты торговли или общественного питания произведенную ими сельскохозяйственную продукцию, включая продукцию первичной переработки, произведенную ими из сельскохозяйственного сырья собственного производства.

Продлеваются сроки льготного налогообложения по налогу на прибыль для сельскохозяйственных производителей, не перешедших на уплату единого сельскохозяйственного налога.

В частности, нулевая налоговая ставка будет действовать до конца 2007 года (ранее - до конца 2005 года).

Основные положения закона вступают в силу с 1 января 2007 года, но не ранее чем по истечении одного месяца со дня его официального опубликования.

Положения закона, изменяющие порядок определения и признания доходов и расходов по единому сельскохозяйственному налогу, а также нормы, продлевающие сроки действия льготных ставок по налогу на прибыль, распространяются на правоотношения, возникшие с 1 января 2006 года.