В настоящее время в республике уделяется большое внимание государственному программно-целевому методу бюджетного планирования. Так, только в течение 2005 года было принято 19 республиканских целевых программ и 7 подпрограмм. На их финансирование в истекшем году из бюджета Чувашии  выделено 3463544,6 тыс. рублей. С начала 2006 года принято 3 программы и одна подпрограмма. Это такие программы, как «Здоровое питание (2006-2010 годы)», «Развитие агропромышленного комплекса Чувашской Республики на 2006-2010 годы», «Комплексные меры профилактики правонарушений в Чувашской Республике на 2006-2008 годы» и подпрограмма «Модернизация системы воспитания детей и молодежи в Чувашской республике». На финансирование целевых программ в 2006 году из бюджета Чувашии намечено выделить 3861979,8 тыс. рублей, что выше уровня 2005 года на 398435,2 тыс. рублей, или на 11,5 %.