Федеральным законом от 13.03.2006 № 39-ФЗ были внесены изменения в п. 3 ст. 346.1 части второй Налогового кодекса Российской Федерации, вступающие в силу с 01.01.2007 о том, что  в случае применения ЕСХН организации освобождаются от обязанности по уплате налога на прибыль организаций, налога на имущество организаций, единого социального налога, а индивидуальные предприниматели – от обязанности по уплате налога на доходы физических лиц (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности), налога на имущество физических лиц (в отношении имущества, используемого для осуществления предпринимательской деятельности), единого социального налога (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, а также выплат и иных вознаграждений,  начисляемых ими в пользу физических лиц).

Кроме того, налогоплательщики ЕСХН – организации индивидуальные предприниматели – не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (за исключением подлежащего уплате при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации).

В настоящее время согласно ст. 346.1 ч.2 НК РФ предусматривается замена уплаты ряда налогов (налога на прибыль организаций, налога на добавленную стоимость (за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом и Таможенным кодексом Российской Федерации при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации), налога на имущество организаций и единого социального налога) уплатой единого сельскохозяйственного налога,  исчисляемого по результатам хозяйственной деятельности налогоплательщика за налоговый период.