Оспаривались нормы, на основании которых регионы вправе устанавливать торговые надбавки к ценам на продукты детского питания (включая пищевые концентраты).

ВАС РФ не нашел оснований для признания этих положений недействующими и пояснил следующее.
Акт, нормы которого оспариваются, был принят Правительством РФ в соответствии с законодательством, которое действовало на тот момент (в 1995 году).

Такой акт предоставил регионам право вводить госрегулирование торговых надбавок к ценам, в т. ч. на продукты детского питания.
Это было сделано с целью обеспечить госгарантии по предоставлению беременным женщинам, кормящим матерям и детям возможности приобрести продукты питания по приемлемым ценам.

В соответствии с Основами законодательства об охране здоровья граждан (в редакции, действовавшей до 01.01.2005) государство гарантировало перечисленным категориям лиц полноценное питание, включая обеспечение их продуктами (при необходимости) через спецпункты по заключению врачей.

Позже в законодательство были внесены изменения, согласно которым порядок обеспечения таким полноценным питанием устанавливается региональным законодательством. С 01.02.2010 вступил в силу Закон об основах госрегулирования торговой деятельности. Он предусматривает, что цены на продаваемые товары хозяйствующие субъекты определяют сами.
Исключение - случаи, предусмотренные названным и иными федеральными законами. Таким образом, порядок госрегулирования цен на отдельные виды товаров, торговых надбавок (наценок) к ценам на них должен регулироваться федеральным законом. Пока он не принят. В то же время Закон об основах госрегулирования торговой деятельности не имеет обратной силы. Он применяется к отношениям, возникшим после введения его в действие.

С учетом этого акт (нормы которого оспариваются), изданный до принятия указанного закона, продолжает действовать.
Он является действующим впредь до принятия соответствующих федеральных законов.